Santé
Et si les virus pouvaient nous soigner ?
Figure S18 de l’étude “Generative design of novel bacteriophages with genome language models”. © Capture d’écran
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Nous avons tendance à considérer les virus comme nos pires ennemis. C’est ignorer qu’ils peuvent aussi nous aider à lutter contre les infections bactériennes. La « phagothérapie » va-t-elle nous libérer des antibiotiques… et de l’antibiorésistance ? Explications, par Octave Larmagnac-Matheron.
Ce qui ne nous tue pas nous rend plus forts ?
Créer des virus grâce à l’IA pour lutter contre les bactéries résistantes aux antibiotiques : c’est le projet d’une équipe de chercheurs de l’université Stanford, aux États-Unis. Les scientifiques sont partis d’un virus assez commun, le bactériophage ΦX174, capable d’infecter non l’être humain mais certaines bactéries. Ils ont ensuite demandé à une intelligence artificielle, entraînée sur 2 millions de génomes d’autres virus similaires, de générer 300 modèles de virus du même type. Seize ont alors été synthétisés en laboratoire et se sont effectivement révélés capables de « traquer et de tuer des souches de la bactérie Escherichia coli (E. coli) ».
De prime abord, la perspective de créer de nouveaux virus semble un pari dangereux, tant nous sommes habitués à voir les virus comme une menace. Tous ne sont pourtant pas nocifs pour l’homme. Certains ont contribué, par absorption de leur matériau génétique, à l’évolution de notre espèce. Surtout, il existe une myriade de virus qui pourraient nous aider à faire face à l’inquiétante prolifération de micro-organismes bactériens antibiorésistants. Les bactéries résistantes aux antibiotiques pourraient tuer 10 millions de personnes par an d’ici 2050, alertait il y a peu l’ONU. Dans la préface de l’ouvrage qu’elle a récemment coordonné, L’Antibiorésistance (2022), l’anthropologue Claire Harpet qualifie l’antibiorésistance de « fait social total » : « Un événement capable d’impacter l’ensemble d’une population humaine et d’en bouleverser en profondeur les habitudes sociales et institutionnelles », qui « pénètre l’ensemble de la chaîne du vivant et impose de penser autrement notre santé [et] de mobiliser une pléiade d’acteurs. »
“Pour combattre des infections, au lieu d’utiliser des antibiotiques, on peut aussi s’injecter des bactériophages : des virus qui ciblent les bactéries… et non pas l’être humain”
Comment répondre à cette menace grandissante ? Ces dernières années, une alternative aux antibiotiques connaît un regain d’intérêt : l’utilisation de virus bactériophages donc (inoffensifs pour l’organisme humain), capables d’infecter et de détruire les bactéries pathogènes. Si l’idée de conception de virus avec l’aide de l’IA peut donner une seconde vie à cette méthode curative encore peu utilisée, cette piste n’est en réalité pas nouvelle. Quoique les principes scientifiques sous-jacents n’étaient pas entièrement compris à l’époque, les traitements phagothérapeutiques ont été découvert dès 1915, avant que la découverte des antibiotiques par Alexander Fleming (1928) et leur mise en application médicale autour de 1941 ne relègue la phagothérapie aux marges de la pratique médicale.
